La storia del centro più importante e rinomato dei Castelli Romani si dipana attraverso saccheggi, costruzioni di ville romane, fondazione di monasteri, edificazione di ville barocche e cumuli di macerie lasciate dalla Seconda Guerra mondiale.
In età romana si trovava nel territorio dell'attuale Frascati una importante villa attribuita un tempo a Lucullo, che, in età imperiale passò alla famiglia degli imperatori Flavi. Nel luogo in cui sorgeva la villa si erge attualmente la chiesa di Santa Maria in Vivario edificata nella zona corrispondente al Vivarium (cisterna). Del passato altomedioevale di Frascati ci è giunta scarsissima documentazione: probabilmente un monastero benedettino fu eretto presso i ruderi dell'antica villa romana e fu proprio l'attività di questo centro di vita monastica a mantenere in vita il borgo. Nel Medioevo infatti le fondazioni monastiche assolvendo ad una funzione culturale ed economica, diventarono centri di potere territoriali. Verso la fine del XIII secolo Frascati comincia ad accrescere la propria importanza e documento ne è il rifacimento di Santa Maria in Vivario e la costruzione del campanile (nel 1305 come riporta un'epigrafe) che rimane ancora oggi la testimonianza più importante della Frascati medievale.
Nel 1354 passò di qua anche Cola di Rienzo, che "in Frascati teneva masnate de fanti e de arceri". Nel periodo della cattività avignonese e fin verso la fine del 1400, Frascati, più volte sotto i Colonna, viene indicata nelle carte come castrum, centro fortificato. E' con il grande papa umanista Pio II Piccolomini che Frascati inizia a formarsi come centro urbano: il papa fa costruire le mura cittadine e un castello, oggi sede del vescovado. Ciò non impedì però che la cittadina cambiasse più volte proprietà: vi si insediarono infatti, in vari tempi, la Camera Apostolica, il cardinale Guglielmo d'Estouteville (rivale di Pio II nel conclave del 1458), Lucrezia Borgia, Lucrezia della Rovere e Marcantonio Colonna che la forni di uno statuto nel 1515.
In seguito Frascati passò nelle mani della famiglia Farnese: nel 1538 papa Paolo III Farnese le diede il nome di Tusculum Novum. Paolo III inoltre affidò ad Antonio da Sangallo il Giovane il compito di definire urbanisticamente la città e questi la ripartì in tre Rioni: S. Maria, S. Flavia e S. Pietro. Dal 1559 in poi, (data della pace di Cateau-Cambrésis) iniziò un periodo glorioso per la cittadina: le famiglie gentilizie romane (Aldobrandini, Lancellotti, Falconieri, Mondragone, Parisi, Muti, Grazioli, Torlonia…) la scelsero per la costruzione delle loro ville suburbane, luoghi di delizia, in cui vivevano separati dal volgo e dalla vita della cittadina, separazione ratificata anche dall'architettura di queste ville che offrono verso il paese una facciata solenne e spoglia riservando all'interno la vista di decorazioni sontuose e fantasiose.
Nel 1558 venne costruita la nuova cattedrale di San Pietro in una zona che viene proposta come nuovo centro della città, stigmatizzando lo sviluppo che questa aveva avuto in seguito al disporsi delle ville in direzione dei colli e la posizione ormai periferica dell'antica Santa Maria in Vivario. Da quel momento l'assetto cittadino non subisce variariazioni di rilievo; si giunge così al 1856 anno in cui venne costruita la ferrovia primo tratto ferroviario costruito nello stato Pontificio che collegava Roma con Frascati (progetto attuato da Pio IX ma voluto dal suo predecessore Gregorio XVI che amava molto questi luoghi).
All'epoca della sua costruzione la stazione si trovava alquanto distante dal centro abitato e un detto popolare affermava che "il treno Roma-Frascati non partiva da Roma e non arrivava a Frascati" perché entrambe le stazioni si trovano lontano dalle città.
Il percorso veniva coperto in 28 minuti alla velocità di 40 km orari. Con l'avvento della ferrovia, il popolo romano aveva modo di recarsi a Frascati e tornare in una sola giornata dopo aver gustato generosi pranzi e il celebre vino coltivato fin dall'epoca dei romani. L'ultimo treno che riportava i romani alle proprie abitazioni veniva detto il "treno tropéa" che in dialetto significa sbornia. Ancora oggi i romani non hanno abbandonato la tradizione del viaggio fuori porta, verso questa terra generosa come se inconsciamente, sapessero di quel filo della storia che unisce saldamente le vicende di Roma a quelle di questi luoghi.
Dopo l'Unità d'Italia vengono abbattute le mura e viene eretto un muraglione che sostiene la passeggiata dedicata alla regina Margherita. Nel 1941 si insedia a Frascati il Comando supremo Tedesco per il Mediterraneo; l'8 settembre 1943 viene bombardata causando centinaia di vittime e distruggendo gran parte della città, liberata il 3 giugno 1944.
Recentemente nei locali delle scuderie Aldobrandini è stato aperto il Museo Tuscolano che espone importante materiale archeologico del territorio. (06- 9417195). Famoso è il carnevale di Frascati che si festeggia con carri allegorici e che termina con il rogo di un Pulcinella. Tra i prodotti tipici, oltre al vino che si può gustare nelle numerose "fraschette", rinomate sono le Pupazze, biscotti di pasta dura e miele dalla forma di donna a tre seni, probabile riferimento ad antichi riti di fertilità.